长期慢性的直肠炎有可能会引起直肠癌，但是概率很低。直肠癌是肠道的恶性肿瘤，一般是由直肠息肉、腺瘤等疾病癌变，或者肠道细胞直接恶变而形成。直肠癌的发病跟遗传因素、接触放射性物质、有毒化学物质的刺激，及肠道的慢性炎症等有关。例如，习惯性便秘的患者，由于粪便在肠道内停留的时间过长，导致粪便内的毒素以及其它的有害的化学物质与肠道接触的时间过长，引起恶变。
当有慢性的直肠炎时，长期的炎症刺激会使肠上皮细胞产生恶变，或者产生息肉以及腺瘤等，有可能进一步恶变形成肠癌。