治疗口腔溃疡的原则是以局部治疗为主，而全身用药为辅。
如果是维生素缺乏，导致的口腔溃疡反复发作，可以在医生指导下补充维生素治疗。并要在平时多吃新鲜的蔬菜和水果，不能挑食，更不能偏食。如果是机体免疫力低下造成的口腔溃疡频发，可以在医生指导下服用增强免疫力的药物，比如转移因子、胸腺肽等。
如果是病毒感染造成的口腔溃疡，比如疱疹性口腔炎，就可以在医生指导下服用抗病毒的药物治疗。如果是真菌感染导致的口腔溃疡，比如白色念珠菌病，就需要在医生指导下服用抗真菌药物治疗。