咽结合膜热和川崎病两种疾病，可以通过患者的临床症状表现，以及实验室检查结果来进行区分。因为两种疾病患者的临床表现有明显不同。
咽结合膜热患者在发病后主要是以身体的发热，眼睛部位的红肿，不自觉地流眼泪以及咽喉部位的疼痛等症状为主。当患者到医院进行检查时，通常还可以观察到咽喉部位有明显的散在的透明水疱。
但是，川崎病患者临床表现则是以淋巴结肿大、全身皮肤黏膜上出现皮疹为主要症状表现。多数患者会有明显的手指或脚趾等末端发红、发硬等表现。且患者进行就医检查时，患者的咽喉部位并不会有明显异常的疱疹等情况出现。