高位肛瘘主要的治疗方法就是需要通过手术的方式进行治疗。一般采用挂线的手术方式，就是借助橡皮筋或者是医用药线，对肛瘘的瘘管以及肛门周围括约肌进行缓慢的切割。主要的目的就是达到无菌性的坏死，进而起到切除的目的。
高位的肛瘘一般是位于肛提肌以上，在手术的过程当中，对肛门周围的组织创伤较大。在术后一定要做到按时换药，避免在术后出现感染疼痛、复发，甚至是导致肛门失禁的情况。
如果一些高位的肛瘘形成了感染，无法一期手术治疗的，可以分期进行手术治疗。