小儿脑肿瘤手术的过程中可以导致患者的神经细胞受到损伤，患者可以出现神经功能缺损的症状。
如果受损的脑组织范围比较大，患者可以出现反应能力和智力的下降。如果手术过程中伤及视神经，患者可以表现为视力的障碍。手术切除脑肿瘤后，可以导致脑内发生瘢痕，患者可以出现脑细胞的异常放电，患者可以出现癫痫的症状。
在切除脑肿瘤的过程中，脑细胞有可能会跟外界进行接触，有可能会发生颅内的感染，有些患者手术之后会遗留脑水肿。