放射性甲状腺炎的治疗费用和患者的不同情况是相关的。有的患者在脱离放射源停止核素治疗后，在数天后症状可自行缓解无需治疗，就不会产生治疗的费用。有的病人在服用放射性碘后2到3周，出现轻度的无菌性甲状腺炎，也多于一周左右自行消退，无需特殊处理或用简单的镇痛药就可以改善，治疗费用也是比较低的。
大剂量放射性碘治疗引起的甲状腺激素过度释放，呈现一过性的甲亢加重，也是由于治疗前准备不充分所致。对症治疗，症状重者给予一些药物，症状轻者往往是自限性反应，治疗费用也是比较低的。脱离射线后，每年需要复查一次，如果出现癌变者，需要手术切除，可能治疗费用在1万以上，按放射性甲状腺癌处理。