特发性血小板减少性紫癜的发病原因是不清楚的。
经多年来的研究发现，疾病的发生往往是跟多种因素有关，比如特发性血小板减少性紫癜在女性比较多见，而且多发生于40岁以前，所以疾病的发生可能是跟雌激素有关。而且还跟感染因素有关，包括各种细菌和病毒的感染以及免疫功能紊乱有关。有一些自身抗体会导致血小板被单核巨噬细胞系统过度吞噬破坏，所以免疫因素也参与了疾病的发生。另外，还包括脾脏的因素，因为脾脏是血小板破坏的重要场所。
所以往往是多种因素共同作用的结果。