针对乙型肝炎的抗病毒治疗，目前主要应用的药物是两大类的药物可以选择，一类是干扰素，另一类是核苷类抗病毒药物。
1.干扰素有普通的干扰素，也有聚乙二醇干扰素。因为聚乙二醇干扰素半衰期比较长，所以血药浓度更稳定，是目前抗病毒治疗时广泛使用的药物。干扰素不但有抗病毒治疗的作用，还有双向免疫调节作用。在应用干扰素治疗时，表面抗原以及E抗原的阴转率要明显高于核苷类抗病毒药物治疗。
2.核苷类抗病毒药物主要包括恩替卡韦、替诺福韦以及丙酚替诺福韦，这些药物都是目前的首选药物。拉米夫定和阿德福韦曾经是核苷类抗病毒药物的首选，但是由于耐药率比较高，所以目前已不作为初治患者的首选药物。因为用核苷类抗病毒药物治疗不能擅自停药，为了增加疗效，也可以核苷类抗病毒药物与干扰素联合应用治疗。