新生儿肺炎引起呼吸增快主要是由于缺氧导致的。当新生儿患有肺炎时，会引起支气管、肺泡严重的通气和换气的障碍，即氧气要进入肺泡以及要从肺泡扩散到血液和二氧化碳要排出体外都发生了障碍，所以血液里面的含氧量会下降，导致低氧血症。
肺炎早期为了代偿缺氧，所以呼吸和心率加快来增加每分钟通气量和改善通气血流比值，随着病情的进展，通气和换气功能严重障碍，在缺氧的基础上才会出现二氧化碳潴留，从而导致呼吸衰竭。
为了增加呼吸深度，以吸进更多的氧气，呼吸辅助肌也参加活动，造成了鼻翼扇动和三凹征，引起新生儿呼吸明显增快。