食管囊肿和食管平滑肌瘤都是属于良性的病变，这个没有什么区别。主要在于食管囊肿属于囊性肿瘤，而平滑肌瘤属于实性肿瘤。
囊性肿瘤可以出现膨胀性增大，平滑肌瘤一般生长比较缓慢。食管囊肿严重的情况下则是会出现进食困难及呼吸困难的症状，而食管平滑肌瘤增大时只出现进食困难的症状。
二者疾病都是需要采取手术治疗。
术后的病理证实其性质，一般良性术后不需要采取任何的治疗。但是如果出现恶性，术后有可能性需要采取化疗治疗，因为部分纵隔食管囊肿可以发生恶性变。