新生儿便秘挂什么科室，要根据选择的医院来判断。
因为新生儿便秘多是由于肠道功能性的因素，当然也可能是出现了器质性的病变，所以如果家长就诊的是综合类的医院，可以挂小儿科。但如果去的是专业的儿童医院，此时可以挂小儿的消化内科。
若是由于消化功能紊乱而引起的便秘，除了在医生的指导下使用相关的药物治疗外，还应该注意饮食调理，特别是母乳喂养的家长，需要吃一些清淡易消化的食物，多吃一些新鲜的蔬菜、水果。如果是器质性的病变，则需要进行对因处理。