脑真菌性肉芽肿要根据临床表现。起病比较缓慢，病程也比较长，但有脑膜刺激征，颅内压增高等改变。要结合其他的辅助检查，可以作出诊断。
如果脑脊液涂片找到真菌，那么就可以确诊。少数比较大的肉芽肿，可以产生相应的颅内压增高症和局灶性神经系统症。严重的患者，还可以出现意识障碍，常并发脑积水。真菌感染一旦形成肉芽肿那么药物的治疗就很难以消除，手术切除是主要手段。但是在手术前后都需要抗真菌药物治疗，并且对原发感染灶要进行系统治疗。开颅病灶切除手术方法同脑结核、丘脑结核性肉芽肿一样。手术前和手术后都需要进行药物治疗。