急性化脓性关节炎会导致软骨组织出现破坏，但是破坏的结构并不仅限于关节软骨。急性化脓性关节炎根据其病理改变的进展分为三个阶段。
第一个阶段，称之为浆液渗出期。主要是关节的滑膜在感染的刺激下产生炎性渗出，表现为淡黄色稀薄的关节积液。
第二个阶段，称之为纤维素渗出期。也就是在炎症的持续作用下，血浆蛋白大量地渗入关节内，会沉积或者是黏附在关节软骨表面，从而影响到关节软骨的代谢产物的排泄以及从关节液中摄取营养，造成关节软骨的破坏，关节积液性状一般是淡黄色粘稠的。
第三个阶段，就是化脓炎症期，会产生脓汁形成化脓性的炎症，会对全关节的结构造成破坏。