治疗口腔溃疡并不建议含盐水清洗口腔和治疗。浓度较高的盐水具有一定的刺激作用，口服盐水会加重溃疡疼痛感，可选择淡盐水清洗口腔。
淡盐水可消除口腔细菌，缩短口腔溃疡的时间，加快愈合并起到预防口腔溃疡的作用。也可选择含漱剂药物消炎治疗，常见药物包括氯已定含漱液，可选择口含片药物，如西地碘片等。
口腔溃疡面不严重者，可选择散剂药物促进溃疡面愈合，如口腔溃疡散、冰硼散、西瓜霜喷剂等药物。炎症严重者，可选择阿莫西林类药物治疗。