得了肛瘘之后，因肛瘘的内口位于肛内，会反复感染，从而导致肛瘘反复发作，位于肛门周围皮肤上的外口就会反复的淋漓不断的流出脓血样物，甚至是粪便，肛门的皮肤长期处在潮湿、黏腻的环境里，就会发生肛周湿疹或肛门瘙痒症，患者会感觉肛门剧烈瘙痒。
如果肛瘘的感染加重，会在局部形成新的肛周脓肿。
如果肛瘘长期未得到有效的治疗，在炎症、细菌及药物的刺激下，可能会发生瘘管癌。
所以在患了肛瘘之后，应及时进行手术治疗或行肛瘘切除术，或行肛瘘切开挂线术。