卵巢囊肿当然有并发症，最常见的并发症就是会出现囊肿的扭转，也可能会导致囊肿的破裂，同时卵巢囊肿的女性，可能会导致盆腔的粘连，从而影响女性的生育功能，所以就可能会导致继发性的不孕。
比如卵巢巧克力囊肿的女性，就很容易影响女性的怀孕，很多卵巢巧克力囊肿比较大的女性，往往没办法自然成功受孕，而是需要先行腹腔镜的微创手术，将卵巢囊肿切除以后，才可以正常的怀孕。
女性出现卵巢囊肿，要做好定期监测，一般超过5厘米，建议手术治疗。