5个月宝宝睡觉老是摇头的原因有很多，要具体分析：
一、正常生理现象。对于5个月的小宝宝，其神经系统和肌肉还没有完全发育，睡觉可能会出现摇头的现象，等宝宝熟睡后，在深层睡眠状态下，自然就不会摇头了，可以放心。
二、病理现象。
1.如果宝宝身上出现湿疹，尤其是头部皮肤，会引起瘙痒，在宝宝睡着了后，可能因为瘙痒，出现摇头，或者抓挠等情况，注意查看下宝宝的皮肤，发现湿疹，及时皮肤科就诊。
2.宝宝缺乏微量元素，尤其是缺钙时，会出现睡眠质量不佳，有摇头出现，需及时到医院检查是否缺钙，若确定是缺钙，及时补充钙。
3.宝宝若是在洗澡时因耳朵进水，出现中耳炎或外耳炎时，引起宝宝耳部不适，会出现摇头的动作，应及时到医院就诊。