腱鞘囊肿常见于肌腱周围，例如手背、手腕、足部等部位。而脂肪瘤常见于脂肪组织丰富的地方，例如背部四肢等。
腱鞘囊肿是囊性肿物附着于肌腱周围，按压有囊性感觉。脂肪瘤通常位于皮下，按压有实性感觉。
腱鞘囊肿一般为椭圆形表面光滑的肿物，推动肿物时肌腱可能随着肿物一起运动，一般不和周围组织粘连。脂肪瘤一般为分叶状，后背部等反复摩擦的部位，可能和周围组织黏连而不易推动，四肢等部位可推动。治疗上腱鞘囊肿和脂肪瘤一般都为手术治疗。