月经3个月来一次是会影响怀孕的，因为3个月来一次月经是不正常的，是月经周期延长、月经稀发，是月经紊乱的一种表现。这种情况很多都存在排卵障碍，排卵是不规律的，所以就会明显地影响怀孕。
正常的月经周期一般为21到35天之间，提前或者推后超过1个星期以上就是不正常的，一般需要进行调理。只有将月经周期调整在正常的范围之内，才能够推测排卵期，才能够监测排卵的情况，要增加受孕机会，最好是在排卵期同房，而排卵期一般是在下次来月经的前14天左右。
怀孕是一个复杂的过程，除了卵巢的排卵功能之外，还要有通畅的输卵管以及良好的宫腔环境，当然还要有优质的精子，不管哪个环节出现问题都会影响怀孕。