阴茎勃起会疼，可能与阴茎受到外伤、阴茎海绵体硬结症、包皮系带过短等原因有关。
阴茎受到外力的撞击，有可能会造成局部的软组织损伤形成血肿，当阴茎勃起时会受到牵拉加重疼痛。阴茎海绵体曾经受到外伤，造成海绵体的纤维组织形成瘢痕，导致海绵体硬结症，也会导致阴茎勃起时疼痛。包皮系带过短、阴茎勃起时受到牵拉，也会导致阴茎疼。
排除上述的原因，也考虑是手淫过度或者性生活过频导致轻微的阴茎损伤，也可导致阴茎勃起时疼痛。多休息、减少性生活的频率和强度，可逐渐改善。