滴虫性龟头炎患者可使用外涂药物进行治疗，比如甲硝唑软膏。患者可先使甲硝唑溶液对包皮内部以及龟头部位进行仔细的清洗，将分泌物清洗干净，然后再外涂甲硝唑软膏，也可口服甲硝唑片进行治疗，每日服用3次，7天为一个疗程。
滴虫性龟头炎主要为性传播所引起，男性龟头炎患者应当和妻子一同去医院进行检查，如果女性患有滴虫性阴道炎，夫妻双方应共同进行治疗。
只有夫妻双方的滴虫感染都被治愈才可进行性生活，否则会传染给对方。