女性长扁平疣，通常是因为受到人乳头瘤病毒感染所引起，主要是由于接触而感染。通常是由于身体局部存在伤口，当接触到人乳头瘤病毒后，就会使该病毒经由皮肤黏膜破损的部位侵入，并不断增殖，进而造成上皮细胞异常性分解和增生，导致皮肤部位出现扁平疣。
也可能是由于身体抵抗力降低所引起，当机体抵抗力较低的情况下，容易受到人乳头瘤病毒感染，进而出现局部长扁平疣的现象。
因此，在平时应避免与长有扁平疣的人共用生活用品，平时应注意合理膳食，加强运动锻炼，增强自身体质，提高身体抵抗力，防止长扁平疣。