阴茎上有小疙瘩，可以用毛巾热敷阴茎或者涂抹红霉素软膏、黄皮肤软膏等抗炎、抗菌类乳膏治疗。因为阴茎上有小疙瘩，多半与阴茎皮肤炎症有关。
另外，阴茎上有小疙瘩，还与阴茎皮下组织血液循环不良有关，所以还可以通过按摩、理疗的方法促进小疙瘩吸收。部分尖锐湿疣人群，也会导致阴茎上有小疙瘩出现，这时可以做白醋试验确诊，然后积极治疗。
在治疗期间，应保持阴茎皮肤清洁、卫生，不要接触刺激性的物体，这样可以促进该症状更好恢复。