巴贝虫病是需要药物治疗的，另外根据具体的病症，需要对症处理。药物治疗首选的药物是克林霉素，这种药物可以直接肌内注射。如果是早产儿感染这种病可以使用奎宁口服。
而成年人如果脾脏摘除，可以使用克林霉素注射加口服奎宁治疗，效果会比较好。这两种药物使用后能迅速退热，减少原虫血症，所以是治疗这种病比较安全有效的药物。
如果出现高热、头痛剧烈的情况，应根据病症治疗，可以使用解热镇痛的药物，如果有明显溶血情况要及时输血。只要治疗及时基本上没有什么后遗症，治疗效果还是比较好的。