食管良性肿瘤临床上主要依据影像学检查、内镜检查、超声内镜检查以及组织活检相鉴别。
目前临床上主要的食管良性肿瘤有食管平滑肌瘤、血管瘤、食管息肉。其中食管平滑肌瘤最为常见，多发生于中年男性，大多数无症状。在胃镜检查时偶尔发现，多位于食管中下段，临床上在X线钡餐检查常显示下可呈现瀑布征或者涂抹征，内镜下观察通常黏膜完整，肿物呈圆形，超声内镜诊断平滑肌瘤最准确。
血管瘤多发生于食管中段，内镜下可见局部黏膜隆起呈结节状或分叶状。食管囊肿多在婴幼儿期出现症状，主要以呼吸道症状为主，可以通过超声内镜与食管平滑肌瘤做鉴别。