疟疾和少阳证的区别如下：
1.病因不同。疟疾是感染疟原虫引起的寄生虫病。少阳证是中医里面的疾病，是邪犯少阳胆腑、枢机不利、经气不畅引起的症候。
2.症状不同。疟疾主要的症状是会出现突发性寒战、高热，并且会伴随头痛、全身酸痛、乏力等症状。少阳证主要的症状是会出现寒热往来、目眩咽干、心烦喜呕等。
3.治疗方法不同。疟疾需要通过抗疟疾的药物进行治疗，药物包括青蒿素及其衍生物、喹啉衍生物、抗叶酸类药物等。少阳证一般是通过中药材治疗，常用的中药材包括柴胡、人参、甘草等。