导致子宫内膜薄的原因非常多，但是在临床上最常见的原因还是手术。
在人流手术的过程当中，器械需要进入子宫内，不仅要把孕囊和蜕膜组织刮出来，还要把整个宫腔搔刮一遍，如果操作不慎就会损伤到子宫内膜，从而引起子宫内膜菲薄，甚至于粘连。而且人流手术的次数越多，子宫内膜损伤的程度也越严重。
除了人流手术之外，如果子宫内膜感染了结核杆菌也会造成内膜损伤，内膜的形态异常或者变薄。另外子宫内膜的薄厚也与体内的雌激素水平有很大的关系，当女性的卵巢功能下降、雌激素减少后，也会导致子宫内膜变薄。