如果卵巢囊肿是卵巢子宫内膜异位囊肿或者是大的卵巢囊肿，持续存在不予处理可能会引起卵巢早衰。
卵巢子宫内膜异位囊肿和大的卵巢囊肿，都可以对卵巢的实质造成破坏，对卵巢功能造成影响，进而诱发卵巢早衰出现。但是小的卵巢囊肿对卵巢实质影响比较小，这种情况不会造成卵巢早衰。
卵巢囊肿除了导致卵巢早衰之外，还有可能会引起流产、不孕、发生癌变、导致水肿、降低生活质量等危害。导致卵巢早衰的因素有很多，如遗传背景、卵巢手术、疾病影响、药物损伤等，同时不良生活习惯对卵巢的影响也非常巨大。