服用金锁固精丸的害处，主要是由于患者不能对症服用药物，或者服用本品过量所致。比如可出现上火症状、有牙龈肿痛、流鼻血等，还有的患者有肝经湿热，或阴虚火旺所导致的肾虚症状。而盲目服用金锁固精丸，也可因药物使用并不对症，而引起一些副作用。
此外，如有感冒发热情况，或者正在服用其他清火下泻的药物，此时不能服用金锁固精丸，因为其和这类药物有配伍禁忌，所以服用后也会损伤身体健康。比如引起腹痛、腹胀或者是皮肤瘙痒、药疹等一些过敏反应。
因此，需服用金锁固精丸的患者，一定要经正规的中医师辨证后用药为好。