首先，病毒性肝炎是由肝炎病毒所引起，比较常见的有乙肝、丙肝等。而自身免疫性肝炎是由于自身免疫系统紊乱，导致肝脏成为免疫系统攻击的靶器官，造成肝脏损伤，两者形成的原因不同。
其次，病毒性肝炎一般病程较为固定，特别是丙肝、甲肝、戊肝等可以完全治愈，乙肝经过治疗后，也能够使病毒处于长期稳定的状态。而自身免疫性肝炎病程非常长，一般终身带病且容易反复复发，这是两者病程的不同。
最后，病毒性肝炎除了护肝降酶之外，乙肝和丙肝可以通过抗病毒治疗。而自身免疫性肝炎除了护肝降酶之外，需要用激素和免疫抑制剂进行治疗，这是两者治疗方案的不同。