小儿轮状病毒性肠炎主要是针对不同的症状选择不同的药物进行治疗，因为目前对于小儿轮状病毒性肠炎并没有特效的抗病毒药物，临床上主要是对症治疗。
如果小儿病毒性肠炎导致患儿出现了轻中度的脱水症状时，主要给孩子服用补液盐来纠正脱水。如果患儿腹泻的次数过多，可以给孩子服用保护肠道黏膜的药物来缩短病程，临床上比较常用的就是蒙脱石散包裹病毒，排出体外。
如果小儿轮状病毒性肠炎期间，患儿出现了体温超过38.5℃的情况时，可以酌情给孩子服用一些药物来缓解体温。