木瓜籽可以泡水喝，但是并没有太大功效与作用，木瓜主要的食用部分是木瓜肉，通常在食用过程中会将木瓜籽去掉，一般很少有人食用木瓜籽。
木瓜籽虽然没有食用价值，但是其用途较为广泛，可以用于入药，也可以加工成化妆品。木瓜籽中含有的木瓜酵素这一成分可以促使鲜肉软化，不过，木瓜籽这些功效与作用必须经过二次加工才会逐渐明显。
虽然木瓜籽功效作用甚微，但是木瓜的食用价值较高，经常性食用对于人体健康有益。经常性食用具有健脾消食、抗疫杀虫、补充营养、提高疾病抗病能力等多种功效与作用。
木瓜食用方法较多，可以将木瓜切半去籽后直接食用，也可以将木瓜与牛奶等其他食材一起蒸煮食用。