羊膜带的综合征的病因尚未完全清楚，有三种假说：
第一，外因论，妊娠早期不明原因的羊膜破裂，而绒毛膜完整，胎儿通过羊膜破裂处到达绒毛膜腔中，由于绒毛膜渗透性较好，羊水外渗，一过性羊水过少，胎儿与绒毛膜贴近。绒毛膜组织具有增生和浸润能力，与胎儿的各种组织接触后，对所接触的组织进行破坏，导致出现相应部分的畸形。
第二，遗传论，内因论虽然羊膜带综合征与羊膜带有关，但目前尚未发现羊膜带造成截肢或畸形的直接证据，所以有学者认为，羊膜带综合征的根本原因是于遗传物质的异常及遗传物质缺乏论。
第三，血管论，羊膜带综合征往往合并复杂的内脏畸形，多种复杂的内脏畸形，难以用羊膜破裂的理论来解释，在没有羊膜破裂的大白鼠体内，通过应用血管活性物质，可以建立羊膜带综合症动物模型。