急性卡他性结膜炎的治疗一般会选择抗生素类眼药水治疗。
急性卡他性结膜炎患者治疗早期，一般会先给予广谱抗生素药物治疗，后期根据结果可调整为敏感性高的眼药水。如果患者的眼表黏稠性或者脓性分泌物堆积较多，还需要采取眼表结膜和结膜囊的硼酸溶液，或者生理盐水冲洗的方式进行清理。
部分患者年龄较小，伴有全身性发热等症状，还要给予全身性用药治疗。当前临床上常用的抗生素类药物主要是妥布霉素、氧氟沙星、加替沙星等眼药水，可单一使用或联合用药。