宝宝在咳嗽腹泻期间，既要治疗咳嗽症状，也要缓解腹泻不适，治疗上要二者兼顾，因此在用药时，要谨慎服用，以免发生顾此失彼的情况。
一、咳嗽严重时要在医生的指导下，服用对胃肠道反应小的儿童剂型抗生素，如头孢克肟咀嚼片、阿莫西林克拉维酸钾片等，一般不建议使用阿奇霉素、罗红霉素，因这类抗生素有胃肠道副作用，用药后会加重腹泻、腹胀症状。
二、咳嗽需要服用止咳药，但止咳药尽量用片剂型、糖浆、颗粒剂型含糖分多，易加重腹泻症状，尤其是中成药，因有清热作用，性较寒凉，一般会有腹泻的副作用
三、腹泻要根据症状轻重服用蒙脱石散止泻，服用枯草杆菌二联活菌颗粒，调节胃肠道菌群，缓解腹泻等胃肠道症状。
四、要加强饮食护理，食品要无刺激性、清淡易消化、有营养，无寒凉、油性，并注意多喝水，以促进疾病改善。