卵巢囊肿绝大部分可以做腹腔镜手术治疗，并且在术后定期地给予复查。
但是如果是相对比较大的卵巢巧克力囊肿，建议开腹手术。因为如果做腹腔镜，一旦出现囊壁破裂，就可能会导致盆腔内出现广泛的子宫内膜异位症病灶，给病人会带来非常大的痛苦，所以建议可以考虑开腹手术。
另外，如果是在手术之后，对于巧克力囊肿的病人也建议要后续给予治疗。比如可以用药物抑制子宫内膜的生长，也就抑制了抑郁症病灶出现复发的现象，所以连续用药三个月到半年左右的时间，会有效抑制复发现象。