过敏性结肠炎目前病尚不完全清楚，因此对于能够找到病因的过敏性结肠炎，越早针对病因介入治疗越好，没有绝对的最佳时间，如由于先天对于半乳糖酶缺乏或对于小麦蛋白成分过敏引起的腹泻，及时通过免疫治疗，可以达到非常良好的疗效。
对于部分无法找到明确病因的过敏性结肠炎，目前认为多与精神、心理、饮食、环境等因素有关，只能通过及时的心理疏导、生活调理来缓解症状，可以辅助减缓肠蠕动、保护肠黏膜的药物进行对症治疗，可以结合中医药治疗，有不错的效果。
要多结合个人病情及时进行调节引导，才能减少发病频率，达到好转。