粪瘘也有称为先天性直肠阴道瘘。其治疗要根据其类型及直肠盲端的高度来选择合适的手术方式。手术能够挽救大多数婴儿的生命，但术后并发症较多，尤其是排便失控。无论何时手术，术后两周内均应坚持扩肛，避免肛门直肠狭窄。术后预防感染也非常重要，尤其需要防范由于尿液引流不畅而导致的切口感染。
手术是治疗该病的主要方法，手术方式主要包括4种：1.瘘管切除肛门成形术：适用于低位直肠阴道瘘。 2.直肠内直肠阴道瘘修补术：适用于先天性直肠阴道瘘及感染性直肠阴道单直瘘。3.经阴道直肠阴道瘘修补术：适用于直肠肛管和肛门发育大体正常，但有瘘道与舟状窝或阴道相通者。4.经会阴部直肠阴道瘘修补术：适用于瘘口很小、高位直肠阴道瘘无法行瘘口扩张者。