上颌窦恶性肿瘤的并发症有很多，如果肿瘤向上颌窦后壁发展，侵及翼腭窝，可能会引起张口困难。如果肿瘤向底部浸润，患者常出现牙痛、牙龈肿胀，牙齿松动、脱落及硬腭呈半圆形隆起等。
如果肿瘤侵及鼻泪管，可能会出现泪溢的现象。累及上颌窦前壁，则有面颊肿胀、畸形和面麻、疼痛等症状。
如果肿瘤破坏眶下壁或进入眶内，可出现眼球移位及视力障碍等。如果肿瘤侵犯眶内脂肪，侵犯到眶内眼肌，甚至会需要把整个眼球摘除。如果肿瘤侵犯眼球、眼眶方向，可能会切除部分眶筋膜。