检查卵巢囊肿通常要查的指标，包括血清肿瘤标记物、激素标志物以及酶的标志物等。查这些指标是为了与卵巢恶性肿瘤相鉴别，其中肿瘤标志物包括抗原标志物CA125以及AFP、AFP是内胚窦瘤以及未成熟畸胎瘤的标志物。
AFP水平的升高，通常会早于临床体征的出现，所以在诊断疾病和判断病情方面都十分重要。而激素标志物是指β-HCG，其为妊娠滋养细胞疾病的特异性标志物，在卵巢绒癌患者中水平也会升高。
酶的标志物主要是指乳酸脱氢酶，这种标志物通常在卵巢恶性肿瘤患者体内会有升高。