目前上颌窦囊肿的手术一般在全麻下进行，所以在整个手术的过程中，患者是没有任何不适的。
过去这种手术通常在局麻下进行，患者会有鼻部甚至眼眶的胀痛不适。手术后会在中鼻道填塞止血的棉片或者明胶海绵，因此术后鼻部会有胀痛不适，会有血性分泌物溢出。患者疼痛的程度一般与鼻腔填塞物的数量有关。
填塞的东西越多，术后鼻部胀痛就越重。患者疼痛明显，可以服用止痛药，比如布洛芬缓释胶囊。