心包囊肿和心包肿瘤的区别主要是发生原因，以及临床预后的区别：
第一，发生原因不同。心包囊肿是一种先天性的解剖畸形疾病改变，出生即有，其发生没有明确的病因。而心包肿瘤是一种后天获得性的疾病，其发生的原因和不良的生活习惯，以及理化因素影响有关系。
第二，临床预后不同。心包囊肿属于良性的病变，囊肿小的情况下不影响健康，也不需要特殊治疗，即使大的囊肿引起压迫症状产生，及时的手术治疗效果良好。而心包肿瘤往往属于恶性肿瘤，药物治疗以及手术治疗无法有效根治，其预后多数比较差。