二糖酶缺乏症又称双糖不耐受症，是指各种先天性或后天性疾病使小肠黏膜刷状缘双糖酶缺乏，使双糖的消化、吸收发生障碍，进食含有双糖的食物时发生的一系列症状和体征。
分为原发性和继发性双糖酶缺乏症，其中包括乳糖酶、蔗糖酶、麦芽糖酶、海藻糖酶等缺乏，以乳糖酶缺乏症最为常见。乳糖酶缺乏时，服牛奶或乳糖后可引起腹鸣、腹痛，或有绞痛、腹泻，严重者粪便呈水样，酸臭有泡沫，停服含乳糖的食物后症状消失。
病人一般情况好，如无肠道手术史者一般无脂肪泻。蔗糖、异麦芽糖酶缺乏时，在服蔗糖及淀粉后引起腹泻，症状与乳糖酶缺乏相似。