功能性胃肠病的治疗方法需要根据患者所出现的症状，选择相应的治疗方法缓解不适症状。
当功能性胃肠病的患者出现腹部疼痛、烧心、反酸等症状，可以服用保护胃黏膜、抑制胃酸分泌、解痉等药物治疗。如果患有功能性胃肠病的患者存在肠易激综合征的可能性时，也需要根据所出现的症状选择药物治疗。如果患者精神压力比较大，也可以服用抗焦虑、抑郁的药物。
目前针对治疗功能性胃肠疾病没有特效的药物，需要先根据症状进行治疗，缓解不适症状，但治疗后存在复发的可能性。