男性发生龟头流脓伴刺痛的情况，是发生了细菌感染所导致的。
若龟头皮肤表面有溃烂、感染灶，脓液自感染灶流出，则是由于严重的龟头炎所导致的。若脓液是从尿道口流出的，而龟头皮肤无炎症表现，则是由于发生了尿道炎所导致的，这两种情况都需要给予抗炎治疗。患者需要及时到泌尿外科就诊，提取脓液行细菌培养及药敏试验检查，根据检查结果选择敏感抗生素进行抗炎治疗。
另外，如果男性有冶游史，需要考虑到性病继发细菌感染的可能，应进一步完善相关检查以明确。一旦明确诊断需要积极治疗，并且需要做好自我隔离，避免传播性病。