精囊炎的治疗一般病程是比较长的，急性精囊炎抗生素的治疗一般首选广谱性的抗生素，如头孢菌素类，连续的应用抗生素治疗，时间大约在2~3周；对于慢性精囊炎患者一般选用脂溶性的抗生素，如阿奇霉素、喹诺酮类药物等，在治疗的时间大约在1~3个月。
如果在治疗期间行细菌培养结果阳性，可根据药物敏感实验选择抗生素对症治疗。
在治疗精囊炎的过程中，除了应用抗生素治疗，还应该尽量减少性刺激，必要的时候可以应用抗雄激素的药物对症治疗，此外还需注意个人卫生，饮食方面，戒烟、酒，忌辛辣、刺激性的食物。