小肠损伤后，若小肠损伤较轻微，可暂予以保守治疗。保守治疗包括禁食水、胃肠减压、抗感染、补液支持等对症治疗，选用光谱的抗生素，常用头孢类抗菌药物，可以配合甲硝唑等药物；疼痛时可以给予解痉止痛的药物，比如山莨菪碱等，给予必要的营养物质，比如糖分、生理盐水、氨基酸、脂肪乳等药物。
出现腹膜炎休克表现时，需要积极的抗休克治疗，给予升压药物、激素及补充血容量的药物。
若小肠已发生破裂或者保守治疗无效时，应立即进行手术治疗，术后继续抗感染、补充营养。