肛周脓肿会影响月经。皮下较浅的小范围肛周脓肿在改变不良饮食和生活习惯后，接受局部理疗和消炎处理后多可以痊愈，不能影响全身。
而深部脓肿可以沿着肛提肌或者括约肌蔓延，能引起全身症状，比如发热、乏力、食欲不振等脓毒血症症状，再体弱多病的患者甚至可以引起感染性休克。
深部脓肿造成病人免疫力和抵抗力下降，能够引起女性患者的内分泌失调，如烦躁易怒、失眠、情绪变化等，体内雌性激素和孕激素的改变导致月经延迟、月经量少、有血块等情况。