甲状腺功能异常和甲亢的区别主要是疾病范围的不同。
甲状腺功能异常包括甲状腺功能亢进和甲状腺功能减退，以及亚临床甲状腺功能亢进和亚临床甲状腺功能减退，而甲亢一般指的是已经明确的甲状腺功能亢进。因此，甲状腺功能异常的治疗也是有很大不同的。当发生甲状腺功能减退时，需要进行外源性甲状腺激素的补充，而且要针对疾病本身进行治疗，如桥本甲状腺炎患者需要服用硒酵母片来降低抗体水平。
由于甲状腺功能亢进通常是毒性甲状腺肿及甲状腺结节引起的，因此在治疗时主要以口服抗甲状腺激素药物和手术切除甲状腺结节为主。