巧克力囊肿的形成是首先具备子宫内膜异位症的基础上发生的，子宫内膜伴随着经血逆流到卵巢组织，种植在卵巢表面伴随着每次月经，跟随雌激素的水平增殖增生，跟随雌孕激素水平撤退脱落，形成局部的血性囊肿，日积月累，如此反复的增生脱落，逐渐出现了卵巢局部的囊肿。
囊肿内的液体主要是以脱落的子宫内膜和血液为主，随着病情的进展，在患者采取手术之后，血性囊肿剥离过程中会出现暗褐色的血液，类似巧克力的颜色。
所以临床上将它统称为巧克力囊肿，实际上巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症范围当中的一种疾病。